Becton, Dickinson lança FACSseq Single Cell Sorter Becton, Dickinson e Company BDX. Popularmente conhecido como BD, anunciou recentemente que sua divisão de ciências da vida lançou seu primeiro produto dedicado, que é um classificador de células de alto rendimento para aplicações de genômica de célula única - BD FACSseq. BD FACSseq combinado com BD Precise Assays pode ser usado para análise de expressão de um único gene celular. O produto combinado permitirá aos pesquisadores analisar milhares de células de forma precisa, rápida, fácil e acessível. BD FACSseq está atualmente disponível para fins de pesquisa. A empresa espera lançar a versão comercial no início de 2017. Mais tarde, a BD tem se concentrado ativamente no crescimento de sua pegada no mercado de genômica, que deverá crescer em um CAGR estimado de 10,3 de 2017 a 2020 e atingir um valor de 22,1 Bilhões no final deste período. Isso apresenta oportunidades de crescimento significativas para BD. Notavelmente, a empresa goza de uma forte presença no mercado de instrumentos. Além disso, algumas aquisições feitas nos últimos 12 meses fortaleceram o conhecimento da tecnologia de genômica do BD, além de expandir seu portfólio de produtos. Em outubro de 2017, a BD comprou a Irish Biotech Company - GenCell Biosystems - o que o ajudou a mudar para o mercado da Seqüência de Próxima Geração (NGS). Recentemente, a BD adquiriu a Pesquisa Celular baseada em San Francisco, que desenvolve ferramentas baseadas em sua tecnologia de indexação molecular para análise genética de célula única massivamente paralela. Os BD Precise Assays que são utilizados pelo instrumento de classificação de célula única FACSseq foram originalmente desenvolvidos pela Cellular Research. Acreditamos que a BD continuará buscando aquisições para expandir seu portfólio e sua pegada a longo prazo. No entanto, a dura concorrência dos gostos do Fluidigm FLDM. Qiagen QGEN e Illumina ILMN continuarão a ser um potente vento de frente. Atualmente, BD tem um Zacks Rank 3 (Hold). Quer as últimas recomendações da Zacks Investment Research Today, você pode baixar 7 melhores ações para os próximos 30 dias. Clique para obter este relatório gratuito gtgt Quer as últimas recomendações da Zacks Investment Research Today, você pode baixar 7 melhores ações para os próximos 30 dias. Clique para obter este relatório gratuito Reunião de Genômica Celular Única em Estocolmo: de células únicas a tipos de células Um relatório sobre a segunda conferência de Genômica de Célula Única realizada em Estocolmo, Suécia, de 9 a 11 de setembro de 2017. A segunda conferência de Genômica de Célula Única foi realizada em Estocolmo E hospedado pelo Instituto Karolinska. A Veneza do Norte foi o cenário para uma reunião emocionante e intensa, com cientistas de disciplinas muito diferentes abordando os inúmeros desafios que a genômica de uma única célula apresenta. Durante três dias, 35 conversas e mais de 60 pôsteres abordaram vários aspectos da genômica celular única, desde novas técnicas experimentais até estratégias computacionais para análise de dados. Nós relatamos alguns dos principais temas que emergiram e, em nossa opinião, melhor ilustram os progressos realizados e as novas direções realizadas pelo campo. Células simples, estudos de múltiplas mutações Em grande parte, graças ao uso de plataformas de microfluídica para captação celular e processamento de reação, o RNA-seq de célula única tornou-se uma técnica de laboratório estabelecida. Ao provar isso, foram apresentados muitos conjuntos de dados RNA-seq de célula única de alta qualidade, detectando tipicamente cerca de 7.000 espécies de transcrições por célula (2.000 a 10.000, dependendo do tipo e método da célula), com a eficiência de detecção variando de 10 a 40 O ruído técnico foi tipicamente controlado usando moléculas de RNA sintéticas e usando identificadores moleculares únicos para controle de viés de amplificação. Além do RNA-seq, o seqüenciamento do genoma de célula única (com base em técnicas de MDA (Multiple Displacement Amplification) ou MALBAC (Técnicas de Recozimento Múltiplo e Ciclos de Amplificação de Looping), análise de padrões de metilação por seqüenciamento de bisulfito ou por mapeamento de enzimas de restrição (Fuchou Tang, Peking Universidade, China) e o mapeamento da conformação de cromatina com a célula única Hi-C (Peter Fraser, The Babraham Institute, Reino Unido) estão começando a ser explorados. No entanto, a fração do genoma ensaiado pela seqüenciamento do genoma de célula única continua a ser um problema. Nicholas Navin (MD Anderson Cancer Center, EUA) mostrou como a cobertura 91 pode ser alcançada com o método nuc-seq, que tira proveito do conteúdo do genoma duplicado usando células na fase G 2 M. Outra solução potencial para o problema de baixa cobertura foi apresentada por Mike Stratton (Wellcome Trust Sanger Institute, Reino Unido), que usou organoides derivados clonicamente como um proxy do seqüenciamento do genoma celular único. Ao rastrear a distribuição de 35 mutações em 25 organoids, Stratton e colegas reconstruiu a linhagem celular inicial que deu origem às células de sementes de organoides. Curiosamente, este trabalho também indicou que diferentes tecidos exibem assinaturas mutacionais distintas, enquanto assinaturas distintas estão associadas às divisões celulares em cultura. Além disso, foi emocionante ouvir sobre as aplicações clínicas da genômica de célula única, conforme descrito em uma apresentação principal de Sunney Xie (Harvard University, EUA), que identificou oócitos saudáveis (ou seja, sem mutação) para procedimentos subseqüentes de fertilização in vitro por Inferindo a sequência do genoma do pronídeo feminino a partir dos dados de sequência derivados de corpos polares. A primeira análise combinada bem sucedida de DNA e RNA também foi apresentada. Uma abordagem de célula dividida, na qual o lisado celular foi dividido entre diferentes reações, foi descrita por Siddharth Dey (Hubrecht Institute, Países Baixos). Essa sequenciação de meia-célula pareceu produzir dados igualmente bons em comparação com métodos convencionais de célula única convencional. Do ponto de vista da quantificação da expressão da proteína, os anticorpos marcados com oligonucleótidos foram explorados como um proxy para dados de expressão de proteínas em larga escala (George Church, Harvard Medical School, EUA). Capturar células únicas em gotas Claramente, a produção de análises de células únicas aumentou drasticamente nos últimos anos, com até milhares de células únicas agora sendo analisadas em um único experimento. Este aumento de produção parece estar ainda mais acelerado graças ao surgimento de novas e avançadas plataformas de microfluídica baseadas em gotículas. Agora, além do encapsulamento de células únicas em gotículas de volume de picolitro, cada gota pode ser codificada por barras e suplementada com identificadores moleculares únicos para marcação de transcrição, com esferas magnéticas facilitando o processamento de amostras adicionais. Decenas de milhares de gotículas, cada uma trabalhando como um pico-reator químico individual, podem ser geradas e processadas simultaneamente. A análise baseada em gotas de células únicas foi discutida por David Weitz (Harvard University, EUA) e Evan Macosko (Broad Institute, EUA). Eles relataram dados de RNA-seq de boa qualidade, um nível reduzido de ruído técnico (provavelmente resultante de volumes de reação reduzidos) e uma redução dramática de custos por biblioteca de RNA-seq de célula única. Outras aplicações interessantes desta tecnologia, sugeridas por David Weitz, incluíram estudos de células únicas de propagação de vírus ou doenças por infecção e re-infecção de células únicas (evolução em microplaquetas), ou triagem de célula única para drogas ou anticorpos contra infecções. Explorando a estrutura da população celular A célula única RNA-seq e a proteína única proteômica são muito adequadas para a identificação de diferentes tipos de células através do uso da expressão gênica como uma assinatura molecular. De fato, a identificação de novos tipos de células foi um dos temas recorrentes da conferência. Alexander van Oudenaarden (Instituto Hubrecht, Países Baixos) descreveu os diferentes tipos de células identificadas na cripta intestinal isolada de culturas organoidais. Isso levou à identificação de marcadores específicos que se mostraram úteis para o enriquecimento direcionado de tipos de células raras durante a amostragem subseqüente. Sten Linnarsson (Instituto Karolinska, Suécia) evidenciou novos tipos de células no córtex cerebral do mouse. Outros pesquisadores apresentaram os resultados de sua caça celular no córtex cerebral do mouse (Bosiljka Tasic, Allen Brain Institute, EUA), o epitélio pulmonar (Barbara Treutlein, Instituto Max Planck, Alemanha), o sistema hematopoético (Ido Amit, Weizmann Institute , Israel) e o epitélio olfativo (Peter Mombaerts, Max Planck Institute of Biophysics, Alemanha e Lus Saraiva, Wellcome Trust Sanger Institute, Reino Unido). O papel da metilação do DNA na preservação e transmissão de informações de células mãe para filha e na manutenção da expressão genética específica do tipo celular foi o tema da conversa de Amos Tanays (Instituto Weizmann, Israel). Ele descreveu uma comparação dos perfis de metilação das células estaminais clonalmente expandidas com células sanguíneas em vários estágios durante a diferenciação. Muita discussão foi dedicada aos métodos ideais para detectar diferentes tipos de células. Embora as técnicas padrão, como o agrupamento hierárquico e os k-means, ainda sejam amplamente utilizadas, o esforço está sendo investido para conceber novos métodos que possam separar melhor os diferentes tipos de células e identificar populações raras de células, alguns desses métodos foram discutidos por Alexander van Oudenaarden, Dana Peer (Columbia Universidade, EUA) e Sten Linnarsson. Também se está a chamar a atenção para os efeitos confusos que podem dificultar a identificação do tipo celular, como o ruído técnico e o ciclo celular. Os métodos computacionais para identificar e remover os efeitos de confusão foram introduzidos nas conversações de John Marioni (EMBL-EBI, Reino Unido) e Peter Kharchenko (Harvard Medical School, EUA). Um desafio futuro importante é descobrir a relevância biológica dos novos tipos de células identificadas até à data. Em última análise, para responder a esta pergunta, pode ser necessário integrar os dados RNA-seq com informações sobre os estados de metilação do DNA e possivelmente com estudos funcionais. Transcriptomia espacial Outra tendência clara foi transcriptômica espacial. Vários oradores descreveram abordagens para caracterizar a expressão do ARN in situ no nível do transcriptoma inteiro: por hibridação quantitativa quantitativa (ISH) (Long Cai, Caltech, EUA) ou por marcação posicional e amplificação de RNA diretamente na seção de tecido seguida pelo padrão Seqüenciamento de Illumina (conversas de Mats Nilsson, Universidade de Estocolmo, Suécia e Joakim Lundeberg, KTH, Suécia). Distinguido do seqüenciamento direto no tecido, a abordagem de Tomografia de RNA apresentada por Jan Junker (Instituto Hubrecht, Países Baixos) usa seqüenciamento sistemático de cortes finos de três animais em série, cada conjunto de seções que cobrem um dos três eixos cartesianos e Posterior reconstrução tridimensional de pontos de dados adquiridos. Embora a maioria desses métodos ofereça resolução espacial elevada, mesmo pseudo-celular, a identificação de conjuntos de transcrição correspondentes a uma única célula continua sendo um desafio. Da análise de células únicas aos mecanismos Algumas apresentações envolventes mostraram os insights que a análise de uma única célula pode fornecer na compreensão de processos biológicos específicos. Sunney Xie descreveu o trabalho de seu laboratório que lançou luz sobre a origem do estouramento transcricional nas bactérias usando um único teste de moléculas e contagem de mRNA de célula única. Uma mistura de ensaios de dinâmica de célula única e biologia sintética foi a estratégia utilizada para investigar o design de circuitos biológicos por outro orador principal, Michael Elowitz (Caltech, EUA). Em particular, Elowitz descreveu como seu laboratório estudou a ativação de proteínas reguladoras que acompanham a dinâmica de pulsação e a via de sinalização de Notch, que foi reconstruída de forma sintetica usando uma abordagem de baixo para cima para obter uma visão de sua função. Voltando ao RNA-seq de célula única, Rickard Sandberg (Karolinska Institute, Suécia) descreveu como a expressão de genes monoalélicos pode ser explorada quantitativamente através da análise do transcriptoma de células isoladas de ratos híbridos F 1. Embora esses estudos forneçam respostas a algumas questões biológicas, eles também ressaltam a necessidade de desenvolver e testar modelos quantitativos para melhor interpretar os dados e descobrir os mecanismos subjacentes a esses processos. Conclusões No geral, tanto as palestras quanto os cartazes sublinharam a natureza em rápida evolução do campo de genômica de célula única, especialmente no lado experimental. O campo da biologia de célula única está se expandindo muito rapidamente, de modo que novas aplicações excitantes certamente serão apresentadas nos próximos anos, uma conferência de célula única, que ocorrerá em Utrecht. Abreviações Recozimento múltiplo e ciclo de amplificação baseado em loop Amplificação de deslocamento múltiplo
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